پودر ماهی غالباً بر اساس پروتئین و نوع ماهی به انواع مختلف درجه بندی و نامیده می شود.
انواع اصلی آن در ایران به دو نوع پودر ماهی تر و پودر ماهی ضایعاتی می باشد پودر ماهی تر بر اساس نوع ماهی که از آن تولید می‌شود نامگذاری می شود یکی از بهترین پودر ماهی های تولید شده در ایران پودر ماهی کیلکا می باشد که پروتئین آن بالای ۷۰ درصد می باشد و متعادل ترین اسید آمینه را دارا می باشد این نوع ماهی در ایران فقط در دریاچه خزر یافت و در فصول از سال صید می‌شود.
انواع پودر ماهی تولید شده در جنوب ایران نیز به سه نوع متوتا ،فانوس ماهیان یا ساردین دسته بندی می شود جایگاه هر کدام از این نوع ماهیان بخشی از سواحل جنوبی ایران می باشد فانوس ماهیان یا میکتوفیده در دریای عمان در اعماق بالای ۱۰۰ متر صید شده منجمد تحویل کارخانجات برای پودر ماهی می گردد متوتا یا به اختصار متو از نوع ماهیان مهاجر می باشد که در فصول خاصی در سواحل میناب ، جزیره قشم و لنگه صید می شوند تمام این ماهیان در گله های بزرگ صید می شود. پودر ماهی های تولید شده از این ماهیان نیز بر اساس پروتئین و نوع ماهی نامگذاری می شوند. پودر ماهی ساردین دارای پروتئین ۶۵ به بالا می باشد فانوس ماهیان نیز دارای پروتئین بالای ۶۴ می باشند نوع متوتا نیز داری پروتئین بالای۷۰ می باشد لازم به یاد آوری است این ارقام ارتباط مستقیم با رطوبت و چربی پودر ماهی و نوع ماشین آلات تولید کننده پودر ماهی دارد
پودر ماهی تولید شده از ضایعات ماهی در ایران پودر ماهی جنوب شناخته می شود که این نام برگرفته از نام اولین کارخانه تولید کننده پودر ماهی از ضایعات ماهی در بندرعباس بنام کارخانه پودر ماهی جنوب می باشد. این نوع پودر ماهی از ضایعات کارخانجات تن ماهی ،بازار ماهی ، ضایعات سرد خانه و هر آنچه از ماهی باشد تولید می شود